15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
「魔法使いさん、わたし、約束守れませんでした……」 魔法使いに憧れる天然少女クルミ＝ミライと、 代々魔法使いを輩出する名家の令嬢ユズ＝エーデル。 レットラン魔法学校＜国家魔法師養成専門学科（通称?マ組）＞への進学は魔法使いになるための必須条件。 なのに、まさかの受験失敗………と思っていたら? 一見、子どものような国家魔法師ミナミ＝スズキが担任として現れ、 学園生活は急転！訳ありげなクラスメイトに、怪しそうな同好会…… この学校に隠された秘密って何? 魔法使いさん、わたし＜普通科一組＞で、魔法使いになれる、の、カナ……？ 夢に破れた正反対なふたりの少女の青春＊魔法学園ファンタジー！
这个故事发生在一个叫星元市的小城市。在市内的狮子尾山上，有一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，被称为“摩诺之角”。实际上，这个物体是16年前“怪兽之日”事件发生后留下的“怪兽的角”。全世界都在同时出现怪兽的“怪兽之日”事件后，怪兽灾害变得司空见惯。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽，同时怪兽防灾科学调查所（简称SKIP）也在不断进行科学调查和避难引导，以防止怪兽灾害的发生和扩大。这个组织至今仍在不断调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，奇迹般地生还并毫发无伤。由此，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。尽管他有着痛苦的过去…
大赛失利后，被迫放弃职业道路的张若饴重回校园。陌生的环境里，曾经让她陷入阴影的乒乓，反而成为了劈开迷茫的一道光——球台上，她结识队友；赛场外，她收获友情。这一次，少女决定，用尽全力，挥拍击向未来。
第一次见面，秦凌把诸葛云乐的衣服扒了，穿在自己身上，悠哉悠哉回了家。第二次见面，秦凌把自己的衣服一件件脱下来，“你走不走，不走我喊非礼了啊！” 第三次见面，秦凌笑嘻嘻对他说：“脱衣服这种事，一回生二回熟嘛，来来来！” 诸葛云乐表示，他从未见过如此厚颜无耻的女子。但是，突然好喜欢她，怎么办？
梶原空（花泽香菜 配音）是一个个性沉默害羞的女孩，对于刚刚进入的高中校园这件事情，经常处于放空状态下的她还是有些不适应，而同学们热衷的课后社团对于空来说也变成了一个难以解决的问题。在好友麻生夏海（中世明日香 配音）的邀请下，空来到了美术社，这个安静的小小角落一下子就吸引 了空的注意，就这样，作为美术社的一员，空的高中社团生活正式开始。
在学校里，聚集了一群有才又善良的同好们。寡言少语的鸟饲叶月（牧野由依 配音），三无少女空闲木阴（斋藤桃子 配音），天性活泼又有些大条的栗原渚（田村由香里 配音），迷糊大王佐佐木树树（近江知永 配音），女孩们的陪伴为空平静的生活增添了亮丽的笔触。
十冻京（浅沼晋太郎 配音）是一名活泼善良的高中生，担任着游泳部部长的职务，对生活和学习充满了热情。某日，十冻京偶然邂逅了名为三崎紫雫乃（川澄绫子 配音）的转校生，却没想到这场邂逅改变了十冻京的人生，亦改变了整个世界前进的轨道。
一场意外令十冻京被卷入了机器人之间的激烈战斗之中，温柔体贴的守凪了子（花泽香菜 配音）、学生会会长岛（坪井智浩 配音）和副会长港（井上麻里奈 配音）皆未能幸免，日常的校园生活被打破，非日常的危险与敌人接连来袭，在一场又一场九死一生的战斗之中，一个关于“现实世界”和“虚拟世界”的秘密渐渐露出了真正面目。
在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……
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